『スペシャルキッド・ファクトリー』をよりよく知るためには、まずはこの世界の各地に散らばった鍵となるキャラクター……彼らを探さないといけない。
『スペシャルキッド・ファクトリー』のキーワードは「ミステリ」「勇気」、そして「自己発見」。この世界には「Special Kid」── すなわち、特別な才能を持った子供たちがおり、ディストピアが迫り来る未来の存亡も、その子供たちが鍵を握っている。
主人公の源平は、そんな能力とは無縁の、この世界で生きる、ごく普通の少年のはずだった。ところが、源平にそっくりな出で立ちをしたデンシーンという少年が宇宙から降り立ち、源平の人生は大きく揺れ動き始める。 デンシーンは自分は源平の「オリジナルの人間」で、源平は彼のクローン。そして、そこには凶悪な計画が動いている、というのだ。
デンシーンはどうやら「名探偵」をしているらしい。そこで、同じ姿をした源平は、周りから彼と勘違いをされてしまう。その結果、源平は複雑かつ凶悪な事件の謎を解き明かすために、銀河を股にかけた壮大な旅に乗り出すことに。
ずっとオリジナルの人間の影として生き続けるのか?あるいは凶悪な事件の謎を解くために銀河を旅をし、自らの存在意義を示すのか?その決断は、源平の意思次第だ。